卯都乡清水沟村行政区划上隶属于商都县，商都县隶属于乌兰察布市，乌兰察布市隶属于内蒙古自治区，卯都乡清水沟村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区。